A construção deste importante conjunto, constituído pela Igreja e cenóbio, demonstra a importância desta região. A sua construção ter-se-á iniciado e concluído na época seiscentista, embora, existam referências da existência de frades franciscanos, num período anterior. Mas pela análise arquitectónica do edifício de traça maneirista nos alçados da fachada frontal da Igreja e do Convento e, analisando as fontes documentais existentes, a sua construção e decorreu na primeira metade do século XVI, e a primeira missa foi aqui celebrada a 25 de Dezembro de 1624. Para além da composição arquitectónica de todo o conjunto, destacamos a arquitectura da Igreja, de planta em cruz latina, com diversas entradas de luz, com traços característicos de uma Igreja conventual. Embora a sua simplicidade seja o reflexo do ideal franciscano, a arte sacra existente reflecte a intenção benemérita do mecenas da obra, Luís Alvares de Távora. O altar-mor de estrutura arquitectural maneirista em talha dourada, com quadros sobre passagens da vida de S. Francisco que preenchem a parte das edículas e o magnifico sacrário que se assemelha à imagem da época do templo de Salomão.

Os altares laterais do transepto, também de estrutura arquitectural maneirista, de talha dourada, dedicados a Nossa Senhora da Conceição e Santa Cruz, reflectem obras artísticas de artesãos especializados. Os altares das laterais da nave reflectem estilos artísticos diversos, desde o barroco ao rococó. Actualmente as imagens colocadas na maioria dos altares, são ainda os santos do culto franciscano. A destacar temos coro-alto construído na área do nartéx, com um cadeiral decorado com motivos vegetalistas, zoomórficos, e antropomórficos, reflectindo o espírito missionário franciscano. Uma ordem que valoriza a evangelização e a educação das pessoas, o cuidar dos doentes e dos pobres.

Sobre o cenóbio, a parte conventual, infelizmente, o seu interior foi profundamente alterado pelas sucessivas obras que o edifício sofreu, para a sua adaptabilidade às diversas funções, que lhe foram conferidas após a extinção das ordens religiosa no ano de 1834. A sua área conventual era fechada, terá sido demolida por inícios do século XX.

Actualmente é o edifício dos Paços do Concelho e da área ex-conventual destacamos o Salão Nobre.