La Iglesia de San Pelayo se encuentra en el centro de la localidad. De reciente construcción, fue inaugurada en el año 1992 y está edificada en ladrillo. Su planta basilical se erigió sobre los restos del antiguo templo, debido al avanzado estado de deterioro en el que se encontraba. La mayor parte de las obras que contenía el antiguo templo fueron vendidas para costear la construcción del actual.

En su interior, aún se guardan interesantes obras de imaginería religiosa, entre las que se encuentran un retablo de estilo barroco, presidido por la imagen de Nuestra Señora del Rosario, una talla de San Pelayo, patrón de Morales de Rey, y la Dolorosa, obra que sale en procesión durante la Semana Santa.